O património que, actualmente, faz parte do museu encontrava-se armazenado em várias salas do departamento de Ciências Naturais e era parcialmente utilizado nas aulas de Biologia e de Geologia. Dado o elevado valor das colecções, no ano 2000, os professores desta área disciplinar apresentaram um projecto de criação do “Museu de Ciências Naturais”, acompanhado do respetivo regulamento, para ser aberto à comunidade escolar e extra-escolar, que foi aprovado pela direção da escola.


De Setembro de 2000 a Maio de 2002 os professores responsáveis pelo Museu, com a colaboração de várias instituições, procederam à identificação de centenas de exemplares da colecção. De Maio a Setembro de 2002 foi organizada a primeira sala da exposição permanente com uma colecção de aves europeias, tendo sido aberta ao público em Setembro de 2002. Em Fevereiro de 2003 foi aberta ao público uma segunda sala de exposição com uma colecção de mamíferos portugueses. Em Março de 2003 foi organizada um terceira sala onde é apresentada uma perspectiva evolutiva dos animais com representação de diferentes filos e em Novembro do mesmo ano foi elaborado o programa educativo.